Het Waarborgfonds benadrukt het belang van compliance. Dit is de naleving van wet- en regelgeving en het werken volgens normen en regels die een organisatie zichzelf oplegt. Goed bestuur en toezicht (governance) valt hier ook onder. In 2009 is de verantwoording richting derden verbreed en toegespitst op diverse publieksgroepen,
en er is een profiel voor de raad van toezicht vastgesteld.
In 2010 worden een profielschets en deskundigheidseisen voor het bestuur opgesteld. Ook het traject van de jaarverantwoording wordt vervroegd.
Ook het voorkomen en beheersen van organisatierisico's is een continu aandachtspunt van het Waarborgfonds.
Zo wordt gewerkt aan onder meer een effectiever managementinformatiesysteem met betere financiële en personele rapportagemogelijkheden en ramingen.